BIOL 658 Biochemistry（生化学）

必要なテキスト

Fundamentals of Biochemistry by Voet, Voet, and Pratt

この授業を取ったのは、必修科目だからです。

第1回 2003 8/21

テキスト

第2回 2003 8/26

テキスト

第3回 2003 8/28

テキスト

第4回 2003 9/2

テキスト

試験勉強　2003 9/11

protein（たんぱく質）とは、amino acids のポリマーである。amino acids（アミノ酸）がいくつかつながると、polypeptides （ポリペプチド）になる。長い polypeptides が protein である。α-amino acids の α-carboxylic acis groups の pK は、約2.2 で、α-amino group の pK は、約9.4 である。 At pH=7, -COOH group is deprotonated and -NH2 group is protonated. → zwitterions or dipolar inos amino acids → dipeptides → tripeptides → oligopeptides →　polypeptides → proteins それでは、アミノ酸の分類はどうやっているかということです。２０個ぐらいあるアミノ酸で、最近よくアミノ酸入りとか言ってるけど、アミノ酸がどんな形をしてるかなんて誰も想像もしないでしょうね。アミノ酸は、α-carbon から出ている saide chain (-R の部分）の性質で分別するのがいいでしょう。 �@nonpolar（無極性） �Auncharged polar （電荷なしで極性） �Bcharged polar （電荷があって極性、まあ電荷があったら極性ですけどね） じゃあ、�@のアミノ酸を１個ずつ見ていきましょうか。英語発音は無理やりのカタカナです。 -H Glycine, Gly, G（グリシン、グライスィーン） -CH3 Alanine, Ala, A（アラニン） -CH(CH3)2 Valine, Val, V（バリン、ヴェイリーン） -CH2CH(CH3)2 Leucine, Leu, L（ロイシン、ルースィン） -CHCH3-CH2-CH3 Isoleucine, Ile, I（イソロイシン、アイソルースィン） -CH2-CH2-S-CH3 Methionine, Met, M（メチオニン、メサイオニン） リング状 Proline, Pro, P（プロリン、プロウリン） -CH2-Ph Phenylalanine, Phe, F（フェニルアラニン、フェノーアラニン） -変なリング２つ Tryptophan, Trp, W（トリプトファン、トゥリプトフェーイン） �Aのアミノ酸は、 -CH2-OH Serine, Ser, S（セリン、スィリン） -CHCH3OH Threonine, Thr, T（スレオニン） -CH2-CONH2 Asparagine, Asn, N（アスパラギン、アスパラジン） -CH2-CH2-CONH2 Glutamine, Gln, Q（グルタミン） -CH2-Ph-OH Tyrosine, Tyr, Y（チロシン、タイロスィン） pKR=10.46 (phenol) pKR は、タ（イ）ロ（スィン）ー君の友達の十四郎(10.46)君と覚えた。 -CH2-SH Cysteine, Cys, C（システイン、スィスティン） pKR=8.37 (sulfhydryl) pKR は、ヤッサンなー(8.37)、死す(システイン）と覚えた。 �Bのアミノ酸は、 -CH2-CH2-CH2-CH2-NH3+ Lysine, Lys, K（ライシン、ライスィン） pKR=10.54 (ε-NH3+) pKR は、十五夜(10.54）ライシンと覚えた。 -CH2-CH2-CH2-NH-C(NH2)=NH2+ Arginine, Arg, R（アルギニン、アージニン） pKR=12.48 (guanidino) pKR は、あー辞任（アージニン）、胃に弱い(12.48）と覚えた。 -CH2-変なリング Histidine, His, H（ヒスチジン、ヒスティディーン） pKR=6.04 (imidazole) pKR は、リングにＮがあるから、Nintendo 64 (6.04)　と覚えた。 -CH2-COO- Aspartic acid, Asp, D（アスパラギン酸、アスパーティック acid）） pKR=3.90 (β-COOH) pKR は、アスパラサンキュー（3.9)　と覚えた。 -CH2-CH2-COO- Glutammic acid, Glu, E（グルタミン酸、グルターミック acid） pKR=4.07 (γ-COOH) pKR は、グルタミン酸があれば、塩なん(4.07)がいらない！　と覚えた。